中日在信息产业领域的技术合作快速发展。2003年9月，中国信息产业部、日本经济产业省、总务省和韩国情报通信部签署了《中日韩三国信息通信领域合作安排》，为三国在信息产业各领域开展实质性的合作奠定了基础。2004年4月由中国信息产业部、日本国经济产业省及总务省和韩国情报通信部联合主办的“首届中日韩三国IT局长OSS（开放源代码软件）会议”在北京召开。开放源代码软件（OSS）是软件未来发展的大趋势，使用开放源代码的操作系统，有利于信息交换、信息共享和软件的开发与应用。会议期间三方签署了“开放源代码软件合作备忘录”，决定以Linux等开放源代码软件开发为基础，三国在标准制订、软件开发、推广应用、认证服务、人才培养、知识产权等方面开展交流与合作。2004年7月，中国信息产业部、日本总务省和韩国情报通信部在日本招幌召开中日韩第三次信息产业部长会议，三国一致同意进一步加强在信息通信领域的合作。三国对原有7个合作领域进行了修订，追加“电缆终端/传感器网络”为新的合作项目，今后将通过开展电缆终端、传感器网络的共同研究开发和试验普及，以共同实现“计算机无所不在的网络化社会”。
中日两国在环境领域的交流与合作是卓有成效的，可以说是在双边合作中最具有成效的合作之一。它的特点是：交往人员多、层次高；合作领域广、内容丰富，既有广泛的科技合作，又有具有实效的经济合作。中日两国在环境领域的合作，可以追溯到20世纪70年代。1977年日本环境代表团首次访华。1994年5月，中日两国政府签署了政府间《环境保护合作协定》。同年12月，双方在北京举行了中日环境合作联合委员会第一次会议，确定了一批环境合作项目。1996年12月，举行的第三次中日联委会批准了40个中日环保科技合作项目。1988年，日本首相竹下登来华访问，提出利用100亿日元日本政府无偿援助建设“中日友好环境保护中心”，得到了我国政府的积极响应。该项目于1991年７月７日正式得到我国批准并开始建设，1996年５月，竣工验收并交付使用。目前，该中心在污染防治技术、环境监测、环境信息、环境战略与政策研究、人员培训和公众环境教育，以及环境技术交流等方面发挥了重要作用。1997年９月，日本首相桥本龙太郎访华期间，提出建立一个“面向２１世纪中日环境保护合作计划”。当前，以中日友好环境保护中心为依托，中日民间环境合作得到了广泛开展，其中人才培养、环境科研、环境教育等各个方面，通过地方渠道开展的合作越来越蓬勃。2004年12月第六次中日韩三国环境部长会议在东京召开，三方就为防止地球温暖化，减少温室气体排放而各自强化国内措施并加强国际合作达成共识。会议发表的联合公报确认了三国在环境保护方面进一步实行合作的相关领域，重申推进东亚酸雨检测活动，积极开展关于东北亚远距离、跨国界空气污染的共同研究，并关注东北亚地区沙尘暴问题，就建设沙尘暴检测网络和信息共享达成共识。
此外，中日科技合作围绕林业、气象、海洋、能源等领域的合作也都开展得很有特色。例如，日中绿化交流基金项目在1999年在时任日本首相小渊惠三的倡议下，于1999年由日政府拨专款100亿日元设立，用于资助日本民间团体与中国社会各界开展植树造林活动。自2000年，由全国青联与日本11家友好团体联合申请小渊基金资助，共实施3期造林工程，在11个省区市完成18个生态绿化项目，总计造林面积达5000多公顷，取得了较好的生态治理效果。2003年度基金资助43个日本民间团体，总金额约4.5亿日元，用于我国的植树造林事业。中日气象科技合作始于70年代，随后日益增多。中日气象科技合作项目主要有：亚洲季风发生机理分析、气候变动预测模型研究、青藏高原气象科学试验、农业气象等。日本科学家在我国增设2个自动气象站和2个无线电探空站。并于1998年在我国第二次高原气象科学试验(TIPEX)期间，进行了同步观测和资料交换。中日气象专家在台风路径预报及台风路径异常突变等方面进行的研究成果应用于实际业务当中，成果显著。中日两国近年来在海洋科技合作方面所开展的较大的项目有中日副热带环流合作调查研究外业调查、中日副热带环流合作调查研究项目工作组第二次会议、中日东海特定海区河流入海环境负荷及其对海洋生态系的影响，以及制盐工业副产物的利用等项目。
