1、历史概述
20世纪60年代初，中日两国就开始了民间科技交流，它是当时我国技术人员了解世界科技发展情况的重要渠道之一，一直延续到70年代。1972年9月29日，中日两国实现邦交正常化。1978年日本政府同发展中国家进行科技合作的执行机构——日本国际协力事业团开始同我国建立联系，1979年经国务院批准，由原国家科委同日本外务省及其所属日本国际协力事业团建立了技术合作关系。这种合作是以日本向中方转移技术为其特征的所谓“垂直式”的技术合作。1980年5月，中日两国政府签订了《中日科技合作协定》，开始了两国政府间以合作研究为特征的所谓“水平式”的科技合作。中日两国的科技交流与合作发展迅速，规模不断扩大，形成了多形式、多渠道、官民并举的局面，是中日友好关系的重要组成部分之一。特别是在应用技术合作方面，成绩显著，为我国的社会经济发展、科技进步起到了积极作用。
2、政府间合作
中日两国政府间的科技合作与交流以及科技协定等政府间协定下的合作逐步展开。现在中日政府间的科技合作主要包括：《中日科技合作协定》、《中日环保合作协定》、通过日本国际协力事业团（JICA）的技术合作、两国政府科技部门对口合作、《中日核能合作协定》等5个方面。双方部门间多层次定期交流规模在扩大，有实质内容的合作项目也有所增加。双方在基础科学、地球环境、软科学方面的合作呈上升趋势。科技人员往来有所增加，如农业部、建设部、信息产业部、交通部、铁道部、中国科学院等都与日方建立了对口合作交流关系，定期或不定期地举行高层对话，交流经验，探讨合作，对促进两国部门间科研人员的交流，开展合作研究等发挥了很好的作用。
近年来随着中日两国高层互访也促进了中日两国在科技领域的合作。1998年11月国家主席江泽民访日期间，中日双方签订了《中日关于在科学与产业技术领域开展交流与合作的协定》、《中日面向二十一世纪的环境合作的联合公报》，还确定了包括科技项目在内的33个具体合作项目。2000年10月朱镕基总理访日期间又签订了《中日风送沙尘的形成、输送机制及其对气候和环境影响的研究》协议。2003年10月温家宝总理出席了中日韩领导人第五次会晤，与日本首相小泉纯一郎、韩国总统卢武铉共同发表了《中日韩推进三方合作联合宣言》。阐明了新世纪进一步促进和加强三方合作的重要意义。为切实推进实质性合作，三国领导人强调，三国有必要本着循序渐进、先易后难，不断拓展、日益深化的方式，在九大领域中拓展并深化三方合作。其中涉及到知识产权保护、信息通信产业合作、环境保护合作、防灾治灾合作、能源合作、科技合作、渔业资源保护等多项与科技有关的合作领域。通过国家领导人出访签订科技合作协定、协议既丰富了我国家领导人出访成果，又增进了中日两国科技界的合作，并为拓展中日在高新技术领域的合作打下了良好的基础。目前上述合作协定、协议正在顺利实施。
2003年2月中日科技合作联合委员会第十次会议在日本东京召开。本次会议的目的是转变中日合作理念、加强项目合作质量、提升中日合作关系，取得了积极的成果：双方认为，中日科技合作，不仅对两国，对东亚地区以及整个世界的发展具有重要意义。今后双方应在互信的基础上，本着“平等、互利”的原则，着重开展高水平的合作和高层次的交流，鼓励双方的大学、研究机构和产业界积极参加合作。双方约定，今后日本民间机构和企业将作为“合作机构”参与政府间的项目合作，享受国公立机构的有关待遇。双方对第九次会议以来的140个合作项目进行了回顾和总结，确定对其中的118项继续合作（其中52项重点合作，66项继续研讨）。双方确定将生物技术和生命科学（含农业和食品技术）、信息技术（IT）、材料（纳米）、环境和能源、社会基础技术等五个领域作为今后一段时期的重点合作领域。
多年来，在中日双方在农业和农业科技领域进行了广泛的合作，通过互派科学家访问、共同举办学术会议和技术培训班等各种形式，取得了良好的社会经济效益和可喜成果。中日两国自1997年－2003年度以稳定中国主要农作物产量、开发农产品加工新技术为目的，围绕典型地区粮食政策、农业和农村结构变化及粮食供求变化分析等7个课题,开展了长达7年各种形式的广泛研究，在中日专家的共同努力下，项目在研究成果、人才培养、提升科研能力等方面都取得了丰硕的结果。其间，获得科研成果18项，申报专利3项，获得新品种保护31项。2004年9月14日，中日合作研究第二期项目签字仪式在北京举行，这标志着中日在农业和农业科技领域开始了为期五年的新一轮合作研究。
