43年间，他成功地使自己成为一个身心合一的自由人，啃了大半辈子书本，来去俱从容。直到现在，他都没有找一份固定工作，也不受雇或隶属于任何实体机构。一个不受束缚的人，通常可以进退裕如、纵横捭阖，这也许是他10年不衰的原因之一。

“我在中国没有工作过，没有在社会上真正混过，没有社会经验和阅历，另外有一个西方社会文化作为参照，基本上类似于一个旁观者。”方舟子说，“有时候作为一个旁观者，对问题的认识反而会更清楚一点。”

那些因为教职员工身负学术丑行而被新语丝曝光的大学，曾经要聘请方舟子去担任兼职教授，方舟子不干，当场宣布辞掉落在自己脑袋上这一顶用意明显的“帽子”。因为这犯了他的忌讳，只要不授人以柄，就不存在被控制的危险，为此他宁愿置身于社会之外。一旦与这些机构发生瓜葛，他担心自己的独立性会遭玷污。

这也与他大半生不受羁绊的处世观念存在抵牾。人的秉性，天然地向往自由不拘。方舟子想要自由自在地活着，除了思想自由，还要生活自由。1985年考入中国科技大学，方舟子就一直在践行这一理念。那时候，早间的课一般不去上，可以睡到中午12点才起床。这个作息时间，到现在都没有变过。

1980年代末，出国风气席卷大学校园，中国科大此风尤盛。方舟子所在的班上，总共46个同学，陆陆续续出国的竟有40个之多。风华正茂的方舟子，也看过一些留学资料，知道在美国的大学里有一种终身教授，自由无比，当上了连校长都管不了，觉得这实在是一件无比惬意的事情。心有所动，当即就做了人生规划——要去美国的大学当一个教授，搞科研之余，还可以写写诗。

留学生活自不必说有多舒爽。不过近距离观察，他发现美国大学里的教授实际上并不自由，就算是终身教授，为了找科研资金也必须出面写报告拉关系。这样的生活，他不愿意接受，仔细想一想，觉得还是当个作家比较自由。