随着城乡经济体制改革的进展，科学技术体制和教育体制的改革也提上日程。1985年3月，中共中央作出关于科学技术体制改革的决定，5月又作出关于教育体制改革的决定，为科技体制和教育体制改革明确了任务和方向。全面改革的开展进一步激发了广大科技工作者的积极性。1986年3月，王大珩、王淦昌等科学家向党中央提出跟踪世界先进水平、发展高技术的建议(后称“八六三计划”)。邓小平等领导人很快作出批示。11月，中共中央、国务院决定实施发展高技术的“八六三计划”，我国的科技事业得到极大推动。八十年代中后期，每秒一亿次的“银河”计算机系统、高能加速器北京正负电子对撞机、重离子加速器、同步辐射实验室、运载火箭发射卫星等一批高科技成果达到世界先进水平。教育事业也在改革中得到全面发展。根据邓小平1983年10月提出的“教育要面向现代化，面向世界，面向未来”的指示，教育改革主要是扩大学校的办学自主权，调整教育结构，改革教育的内容和方法，努力多出人才，出好人才。为此，教育事业经费逐年提高，占国家财政支出的比重由1978年的6.79%上升到1986年的12.12%。全国开始有计划地普及九年制义务教育，在青壮年中基本扫除文盲，各种形式的成人教育也得到很大发展，适应现代化建设需要的各类人才不断涌现出来。

根据党的十二大的决定，从1983年10月到1987年5月，分期分批进行了全面整党。经过这次整党，初步改变了“文化大革命”遗留下来的党内思想、作风、组织不纯的状况，同时也积累了正确处理党内矛盾的经验，推动了新时期党的建设。

面对改革开放和发展商品经济的新形势，邓小平一再提醒全党:一定要保持清醒头脑，坚持四项基本原则，警惕资本主义和封建主义腐朽思想的侵蚀，反对资产阶级自由化；在进行经济体制改革的同时，必须同时推进社会主义民主和法制建设；在抓物质文明建设的同时，决不能忽视社会主义精神文明建设；越是改革开放，越要注意防止消极腐败现象的滋长，加强党的自身建设。1985年9月，党的全国代表会议通过了关于制定国民经济和社会发展第七个五年计划的建议，增选了一批新的中央委员、候补中央委员、中央顾问委员会和中央纪律检查委员会委员。邓小平在会上指出，新老干部都要注意学习马克思主义，努力针对新的实际，掌握马克思主义基本理论，防止在日益复杂的斗争中迷失方向，并强调当前的精神文明建设，首先要着眼于党风和社会风气的根本好转。1986年9月，党的十二届六中全会专门作出决议，从社会主义现代化建设总体布局的高度，规定了社会主义精神文明建设的战略地位、指导方针和根本任务，强调要用建设有中国特色社会主义的共同理想团结全国各族人民，提高整个中华民族的思想道德素质和科学文化素质。根据邓小平一系列讲话和党中央的决议，全党在努力推进物质文明建设的同时，逐步加强社会主义精神文明建设，广泛开展社会主义的思想道德教育、民主法制教育，促进各项文化事业蓬勃发展，提倡做有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义公民。

在执行“两个文明一起抓”方针的过程中，也出现了不一贯的情况。胡耀邦积极推进了改革开放和现代化建设，但未能对反对资产阶级自由化给予应有的重视。1987年1月，中共中央政治局举行扩大会议，批评了胡耀邦的上述失误。会议批准胡耀邦辞去党中央总书记职务的请求，推选赵紫阳为代理总书记。同年10月，党的十二届七中全会确认了这项决定。

全面改革和党的领导的加强，推动了经济建设。1985年底，“六五”计划全面和超额完成。五年间，国民生产总值从4470亿元增加到8568亿元，平均每年增长10%，超过原计划每年增长4—5%的速度；全国居民平均消费水平从227元提高到406元，扣除物价上涨因素，平均每年提高8.7%，大大超过1953—1980年二十八年间平均每年提高2.6%的幅度。国民经济重大比例关系趋于协调，主要工农业产品产量都有较大幅度增长，过去长期感到困扰的一些经济问题得到较好解决，为“七五”计划的顺利实施，为实现党的十二大提出的奋斗目标，提供了有利条件。