然而，质疑之声纷至沓来。解放军301医院营养科微量元素研究室研究员鲍善芬在媒体上发文称，“铁强化酱油”中使用的铁强化剂 “NaFeEDTA”是一种很强的络合剂，可以在体内络合二价金属离子，如钙、锌、铜等，因此会干扰这些矿物质和微量元素的吸收。她还担心，这种没有严密监管的推广，很可能因铁元素摄入过多而慢性中毒，对儿童而言风险尤大。

食物强化办公室立即发表声明称，铁强化酱油有着充分的科学证据，鲍善芬的怀疑没有道理。可是，这些回应反而引发了更多的质疑，有人甚至指出，铁强化酱油影响儿童的生长发育，食用者的身高较平常矮小。北京大学医学部免疫学系副主任王月丹还提出，“使用加铁酱油，每天仅从这种酱油中摄入的铁就可以达到3至4毫克，超出人体所需铁量数倍，且人体生理状态下，每日仅能从肾脏排泄1.5毫克的铁，而剩余铁是否可能在体内沉积，导致长期慢性的影响，还有待于观察。”

陈春明引用世界顶尖的微量元素专家理查德·赫雷尔的研究称，“NaFeEDTA”作为食物的铁营养强化剂的用量，对钙、锌、铜的吸收没有影响，与其他铁营养强化剂的作用并无区别，不会导致人体上述营养素的缺乏。联合国粮农组织、世界卫生组织联合食品添加剂专家委员会2007年的报告也明确指出，“NaFeEDTA”不影响体内锌的吸收。

至于说到体内沉积，陈春明说，从铁酱油中摄入2~4毫克的铁是事实，但是“NaFeEDTA”在中国膳食条件下的吸收率是10%，即吸收进去的铁只有0.2～0.4毫克。而成年男子每天生理上的铁丢失平均为1毫克，育龄妇女的为1.5毫克，吃铁酱油也只补充了1/6~1/4，根本谈不上铁摄入过量及发生沉积。

中华医学会公共卫生分会主任委员曾光告诉记者，欧美国家也在食物中加铁，只是没有加在酱油中，而是加在面粉里，只要剂量控制得好，安全性是有保障的。