十三大的突出贡献，是比较系统地阐述了关于社会主义初级阶段的理论，完整地概括了党在社会主义初级阶段的基本路线。大会指出:正确认识我国社会现在所处的历史阶段，是建设有中国特色的社会主义的首要问题，是我们制定和执行正确的路线和政策的基本依据。我国处在社会主义初级阶段包括两层含义:第一，我国社会已经是社会主义社会；我们必须坚持而不能离开社会主义；第二，我国的社会主义社会还处在初级阶段，我们必须从这个实际出发，而不能超越这个阶段。这是我国在生产力落后、商品经济不发达条件下建设社会主义必然要经历的特定阶段，从生产资料私有制的社会主义改造基本完成，到社会主义现代化的基本实现，至少需要上百年时间，都属于这个阶段。在社会主义初级阶段中，主要矛盾是人民日益增长的物质文化需要同落后的社会生产之间的矛盾。阶级斗争在一定范围内还会存在，但不是主要矛盾。党和国家的主要任务是发展生产力，推进社会主义现代化建设。党在社会主义初级阶段的基本路线是:领导和团结全国各族人民，以经济建设为中心，坚持四项基本原则，坚持改革开放，自力更生，艰苦创业，为把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义现代化国家而奋斗。
社会主义初级阶段理论的提出，为建设有中国特色的社会主义事业提供了有力的思想武器，是中国共产党人对科学社会主义理论的又一重大贡献。
根据邓小平提出的设想，大会确定了经济发展三步走的战略部署:第一步，实现国民生产总值比1980年翻一番，解决人民的温饱问题；第二步，到二十世纪末，使国民生产总值再增长一倍，人民生活达到小康水平；第三步，到二十一世纪中叶，人均国民生产总值达到中等发达国家水平，人民生活比较富裕，基本实现现代化。
大会对十二届三中全会提出的公有制基础上有计划的商品经济体制作了进一步阐述，指出:社会主义有计划商品经济的体制，应该是计划与市场内在统一的体制。社会主义商品经济同资本主义商品经济的本质区别，在于所有制基础不同。计划和市场的作用范围都是覆盖全社会的。新的经济运行机制，总体上来说应当是国家调节市场，市场引导企业。
大会还提出了进行政治体制改革的任务，指出:政治体制改革的长远目标，是建立高度民主、法制完备、富有效率、充满活力的社会主义政治体制；改革的近期目标，是建立有利于提高效率、增强活力和调动各方面积极性的领导体制。
党的十三大高度评价十一届三中全会以来开辟建设有中国特色社会主义道路的伟大意义，强调指出:这是马克思主义与中国实践相结合的过程中，继找到中国新民主主义革命道路、建立新中国和社会主义基本制度，实现第一次历史性飞跃之后的第二次历史性飞跃。大会还对十一届三中全会以来开辟新道路的历史经验作了初步概括，并从我国社会主义建设的阶段、任务、动力、条件、布局和国际环境等方面，对改革开放和现代化建设实践中形成和发展的一系列科学理论观点作了归纳，从而使建设有中国特色社会主义理论有了比较清晰的轮廓。
党的十三届一中全会选举赵紫阳、李鹏、乔石、胡启立、姚依林为中央政治局常委，赵紫阳为中央委员会总书记；决定邓小平为中央军事委员会主席；批准陈云为中央顾问委员会主任，乔石为中央纪律检查委员会书记。
1988年3月至4月举行的七届全国人大一次会议，选举杨尚昆为国家主席，万里为七届全国人大常委会委员长；决定李鹏为国务院总理；选举邓小平为国家中央军事委员会主席。
邓小平虽然不再担任中央政治局常委的职务，从中央领导岗位的第一线退了下来，但是他作为中国社会主义改革开放和现代化建设的总设计师，建设有中国特色社会主义理论的主要创立者，仍然以高度的历史责任感关注着改革开放和现代化建设事业，为党领导的建设有中国特色社会主义事业的继续发展发挥着指导作用。
四、经济上的治理整顿和经受国内外政治风波的考验
十三大后，党领导全国人民沿着有中国特色社会主义道路继续前进，努力实现社会稳定和经济发展。1984年到1988年，我国经济经历了一个加速发展的飞跃时期。国民生产总值从7171亿元增加到14928亿元；国家财政收入从1642.86亿元增加到2357.24亿元；社会商品零售总额从3376.4亿元增加到7440亿元。外贸进出口总额从535.5亿美元增加到1027.9亿美元；实际利用外资从27.05亿美元增加到102.26亿美元。展现了农业和工业、农村和城市、改革和发展相互促进的生动局面，整个国民经济提高到一个新水平。
在加速发展过程中，也出现了一些问题。这主要是物价波动较大，通货膨胀加剧，重复建设严重，经济发展过热。1984年到1988年国民收入只增长70%，而全社会固定资产投资增长214%，城乡居民货币收入增长200%，投资和消费的增长与国民收入增长的比例严重失调。1988年夏季，在经济秩序特别是流通秩序的混乱状况没有得到扭转的情况下，中央宣布放开大部分商品价格，实行价格改革“闯关”。但这一决策未能充分考虑国家、企业和群众的承受能力，结果诱发全国性抢购风潮，影响了社会的安定。为扭转严峻的经济形势，1988年9月，党的十三届三中全会决定，用一段时间治理经济环境、整顿经济秩序，扭转物价上涨幅度过大的态势，创造理顺价格的条件，更好地推进改革和建设。根据这一决定，国务院相继采取一系列治理整顿的措施，压缩投资和消费需求，加强对物价的调控和管理，整顿经济生活特别是流通领域中的各种混乱现象。经过一年左右的治理整顿，取得初步效果，一度过旺的社会需求开始得到控制，过高的工业生产速度有所回落。
正当治理整顿工作需要进一步推进，以解决一些深层次问题时，改革开放和经济建设的进程却受到严重干扰。
长期以来，一些西方国家的政治势力有计划地通过种种渠道对社会主义国家进行思想、政治渗透，竭力支持和扶植各种反共反社会主义活动。八十年代末，东欧一些社会主义国家开始出现动荡。西方敌对势力加紧推行和平演变战略，通过多种渠道对中国施加影响，使国内搞资产阶级自由化的人受到鼓舞。由于在一段时间里，党内少数领导同志在推进改革开放，大力发展经济的同时，对坚持四项基本原则缺乏一贯性，忽视党的自身建设和社会主义精神文明建设，思想政治工作受到削弱，少数干部中滋生了相当严重的腐败现象，损害了党在群众中的威信和社会主义在人们心目中的形象。致使一度收敛的资产阶级自由化思潮再度泛滥。1989年春夏，极少数反共反社会主义分子利用党在工作中的失误和人民群众对物价上涨，特别是对一些干部中腐败现象的不满情绪，进行煽动反对共产党的领导、反对社会主义制度的活动。他们借群众悼念胡耀邦逝世这件事，大肆散布谣言，掀起一场有计划、有组织、有预谋的政治动乱，并在北京地区煽动一些不明真相的人占据天安门广场，冲击党政首脑要害部门，制造反革命暴乱。在关系党和国家生死存亡的关键时刻，党中央总书记赵紫阳犯了支持动乱和分裂党的严重错误。中央政治局在邓小平和其他老一辈革命家坚决有力的支持下，依靠人民，旗帜鲜明地反对动乱，并采取果断措施，在6月4日一举平息反革命暴乱，捍卫了社会主义国家政权，维护了人民的根本利益。
