第三步： 冰箱冷藏
试剂和DNA样本充分混合
取样完成后，要将DNA 的提取物放到冰箱冷藏备用。等提取物冷却后，再拿出一个更小的试管，这个新试管当中有从试剂盒中调配的试剂。
这是最为费钱的一步，因为试剂盒是进口的，每次加入的试剂费用就要数百元。在进入加样区之前，实验人员先是打开了紫外线消毒灯。“现在要对整个房间进行消毒，确保加样房间没有任何的病菌及粉尘等，实验者也尽量不要说话。” 实验人员提醒道。
试剂里边包括酶、引物等试剂，每个试管要加入0.2微升。加入试剂后，要将小试管放入小的混合器，让试剂和DNA样本充分混合。
第四步：扩增
DNA提取物不断繁殖分裂
为了能达到检测需求的量，要把小试管放入一个叫做扩增仪的仪器。把试管放入扩增仪后，里边的DNA提取物将不断繁殖、分裂。
在一般情况下，经过2-3个小时的扩增，DNA提取物的量就能达到检测量。也就是说，要真正进行DNA 检测、比对了。
第五步：检测
提取16个位点数据进行比对
检测是在一个叫做310荧光自动测序仪当中进行的，这种设备非常先进，把扩增完的小试管放入仪器后，设备会自动从试管中提取DNA提取物，然后自动选择DNA位点，分析染色体。在一般情况下，设备会自动提取16个位点，然后，系统自动将需要做亲子鉴定的两个样本进行自动比对。
根据遗传学原理，如果所有的位点遗传信息都能匹配成功，我们也就能大概说，这对父子或者母子是亲子关系。即便有一两个位点不能成功匹配，在一般情况下，也能作出否定的结论。“每个人都会有两条染色体，一条是父亲给予的，另一条是母亲给予的。在同一个点位上也会出现两条相同的数值，一个数值来自母亲，另一个数值来自父亲。如果孩子有的数值父亲和母亲的都没有，那么他们就很有可能不是亲子关系。”当然，这是最简单、最直观的看法，要判断孩子是否是亲生，还要经过更加严谨的计算。
计算时，有个亲权指数 (PI) 计算，因为在该公式类似于（p除以p+1）的模式，这个模式决定其结果不可能是整数。而且，因为世上没有绝对相同的DNA，因此大概只能算出约99.9%的准确率。
